X-Men'in ana odağı Wolverine'den daha çok filmin alt başlığı olan "Apocalypse". Dünyanın yaratılışından beri tanrı gibi kendisine tapılan Apocalypse, Marvel evreninin ilk ve en güçlü mutantıdır. Lakin yüzlerce yıllık uykusundan uyandırıldıktan sonra karşılaştığı dünyayı beğenmememektedir. Dünya üzerindeki hakimiyetini yeniden sağlamak için de Magneto'nun da içinde bulunduğu bir takım toplamaya başlamıştır.
İnsanlık, gözü dönmüş Apocalypse'e karşı yok edilme tehlikesi ile karşı karşıya iken Profesör X ve Raven liderliğinde bir "iyiler" takımı kuruluyor. Bu takımın üyelerini de çaylak X-Men öğrencileri oluşturmaktadır. Birçoğu daha güçlerini bile kontrol edemiyorken nasıl olacak da Apocalypse karşı savaşacaklar? Filmin gerilimi de burada başlıyor.
